El municipio de El Granado se encuentra situado en el punto más occidental de Andalucía, haciendo frontera con Portugal por los límites naturales del río Guadiana y la ribera del Chanza, ribera sobre la cual se construyó en 2008 el Puente Internacional del Bajo Guadiana que une el municipio con la localidad lusa de Pomarao.

Situado en la comarca del Andévalo y perteneciente a la Mancomunidad de Municipios Beturia, se extiende a lo largo de una superficie de 9.755 hectáreas, estando su núcleo urbano a una altitud de 146 metros y a 60 kilómetros de la capital de provincia, Huelva.

En su término municipal se encuentra el Puerto de La Laja, último tramo navegable del río Guadiana.